2005年3月1日，中国科学院党组决定成立北京分院，这是贯彻落实科学发展观、坚持改革创新发展的一项战略举措，也是中国科学院实施知识创新工程创新体制机制、优化机关职能的重大创新实践。

北京分院成立后，分院党组经过认真思考和研究，提出了“指导、服务、管理、协调”的工作定位，确定了“以人为本，服务至上，科学管理，勤政高效”的分院宗旨，明确了“提供一流服务，实施一流管理，创造一流效益”的工作目标。

五年来，北京分院在院党组的正确领导下，在分院系统单位的大力支持下，认真履行工作职责，不断提升“指导、服务、管理、协调”水平，各方面工作取得显著成效。

五年来，分院机关不断提升工作能力和水平。分院党组教育和引导机关职工转变认识，从过去单纯以党务为主向党务与行政工作并重、有机融合转变，注重打造分院的核心价值体系和构建分院新的文化，牢记院党组的重托和基层的希望，立足现有工作条件，从容面对纷繁复杂的工作难题，更加贴近基层、服务基层，不辱使命，认真扎实开展工作，走过了从质疑到认可的过程，分院工作得到了研究所的信任、理解和支持。

五年来，分院党组不断深化系统单位所级领导班子建设。坚持德才兼备、以德为先、群众公认的用人标准，严格坚持标准，规范考核程序，考核所级领导近400人次。加强对基层党委换届选举的指导，顺利完成近90次基层单位的党委换届。通过民主生活会、中心组学习、领导干部研究班、求是论坛、所长书记沙龙活动等，注重制度建设，严格管理程序，不断加强领导班子党性修养，着力提升领导科技创新的能力。

坚持严格要求和关心爱护相结合，制定《关爱所级领导干部工作的实施意见》，建立谈心制度并认真开展谈心活动，关爱领导干部身体健康，定期组织专项体检并建立专业健康管理数据库，引导和养成科学健康的工作和生活习惯。不断加大后备干部队伍建设的力度，探索加强后备干部培养的有效方式。

五年来，分院院地合作工作走过了兄弟分院十几年的历程。北京分院负责联系与北京、天津、河北、山西和内蒙古等区域的院地合作。经过5年的工作实践，明确了战略重点，理顺了合作机制，打开了工作局面。在首善之区，分院积极加强与地方政府的沟通协调，搭建科技合作交流平台，推动科技项目落地，院地合作实现了从项目推介、组织洽谈会到建设科技园、推动项目落地的转变，从零散项目转化到全面科技合作、从企业项目简单对接到政府高层重视推动的转变。从2006年9月中科院与北京市签署新一轮合作协议到2009年12月院市双方签署“联合推动中关村国家自主创新示范区建设协议”，从中关村园区、奥运园区到中科院北京怀柔科教产业园建设，从北京工业技术支撑与产业促进平台、中关村开放实验室到首都科技条件平台，无一不说明，目前中科院北京分院与北京市的合作进入了一个黄金时期。京外责任区的合作也在全力推进。

在天津，推进“中科天津电子信息技术产业园”建设，实施“天津专项”，积极推动中科院天津工业生物技术研究所的筹建工作。在河北，牵头组织与地方政府共建中科院唐山高新技术研究与转化中心。在内蒙古，联合推动恩格贝生态文明示范区建设，推动共建“中科院内蒙古草业研究中心”。在山西，共同举办“中国国际煤炭与能源新产业博览会”，与运城市、晋中市分别签署“全面科技合作协议”。责任区成效统计数据逐年提高，2008年度北京分院荣获中国科学院院地合作先进分院一等奖，2009年北京分院荣获“（首届）中国产学研合作促进奖”。

五年来，京区党建和创新文化建设取得了可喜进展。坚持围绕中心、服务大局，以基层党组织能力建设和先进性建设为主线，加强创新文化建设和统战、群众工作，为科技创新提供思想和组织保证。2005年1月，根据中央部署第一批组织开展先进性教育活动，京区58个单位24000多名党员参加。2006年开始，率先建立基层党委考核评价制度，组织开展对基层党委、直属党总支每两年一次的考核评价工作。2007年6月中央检查组对北京分院工作给予高度评价。2008年5月四川汶川地震发生后，紧急组织京区单位广大干部、职工、学生和离退休人员捐款捐物，捐款共计2665万元，京区广大党员交纳“特殊党费”552.6万元。2008年6月首次启动创新文化广场，每年组织若干有示范引导意义的活动。2008年10月开展深入学习实践科学发展观活动，查找问题171个，提出整改措施228条，已经集中解决突出问题78个。统战工作深入推进，建立完善与民主党派基层组织、非中共代表人士合作交流工作机制，五年来共推荐各级人大代表、政协委员91人。

五年来，分院积极为研究所排忧解难，关心关爱职工身心健康。沟通北京市解决了115 套“百人计划”房源；积极争取在中关村试行扩大保障性住房范围试点，解决了349户青年骨干的住房问题；协调解决京区300多名科技骨干子女小学升初中免派位进入中关村中学就读；联系建立海淀医院、306医院科技骨干就医“绿色通道”；协助安置20多名关键人才配偶就业。建立并完善科技骨干体检和职工疗休养制度，2005年以来共有4417人参加专项体检、共有778人参加疗休养。建立完善全院全民健身工作体系。成功举办第四届中国科学院职工运动会，全院67个代表团、2300多名运动员参加。连续5年组织健身月活动，5万余人次参加。推动基层单位组织开展丰富多彩的群众性文化体育活动。积极举荐先进典型。积极组织推荐先进集体和优秀科技工作者参加“全国先进党支部”、“全国五一劳动奖状”、“全国工人先锋号”、“全国五一劳动奖章”、“中国青年五四奖章”和“中国十大女杰”的评选，五年来共有6个组织和14名个人获荣誉称号。