杨鹏远课题组与合作者绘制新冠肺炎康复者外周训练免疫形成的表观遗传多维图谱
6月9日，《Nature Cell Biology》杂志在线发表了题为"Single-cell epigenomic landscape of peripheral immune cells reveals establishment of trained immunity in individuals convalescing from COVID-19"的论文。该工作通过单细胞ATAC-seq技术以及新建的单细胞多组学Ti-ATAC-seq技术，描绘了新冠肺炎康复者外周免疫细胞可接近染色质多维图谱，解析了康复者中单核细胞、B 细胞和T 细胞免疫记忆形成的表观遗传机制。
在某些病毒感染或者疫苗接种后能诱导天然免疫细胞表现出类似于适应性免疫细胞的免疫记忆特征，也就是"训练有素的免疫力（trained immunity）"。本文结果表明，新冠肺炎康复者的天然免疫细胞和适应性免疫细胞都发生了大量的染色质重塑。康复者外周血中富集了TBET-enriched CD16+和IRF1-enriched CD14+ monocytes，鉴定为训练有素的（trained）和激活的表观状态。在B细胞谱系分析中，新冠肺炎康复者各个阶段的B细胞表现出IgG类别转换以及抗体分泌浆细胞样分化。
在T细胞谱系分析中，研究者新建了一个单细胞多组学Ti-ATAC-seq新技术，可以同时在单细胞水平获取每个T细胞的可接近染色质信息、TCR序列以及蛋白表面分子表达。新冠肺炎康复病人中CD8+ T细胞表观遗传图谱和单细胞TCR克隆性的深入分析揭示了病毒诱导的效应CD8+ T细胞在初始新冠病毒控制和记忆CD8+ T细胞在免疫记忆形成中发挥了关键作用。目前课题组正在致力于采用该方法绘制HBV阳性肝癌组织的免疫图谱。
论文由中科院生物物理所、重庆国际免疫研究院、斯坦福大学、解放军总医院第五医学中心等单位合作完成。中国科学院生物物理研究所杨鹏远研究员，美国斯坦福大学Mark M Davis教授和陈亮博士（现地址为上海大学），为本文的共同通讯作者。中国科学院生物物理研究所博士生游茂军，斯坦福大学陈亮博士（现地址为上海大学），解放军第五医学中心张大伟、赵鹏博士为本文共同第一作者。论文感谢中科院生物物理所流式细胞平台、生物成像平台高性能计算集群的技术支持和帮助。
新冠肺炎康复者外周训练免疫形成的表观遗传多维图谱模式图
