标志以中国科学院院徽为原形演化而来，反映出北京分院的从属关系；中心抽象化的天坛造型体现出典型的地域特征。

　　图形以一组动态的几何形体寓意“六大学科”相互促进，共同发展的关系；旋转动感的核心形象似螺旋浆，寓意科技作为第一生产力是推动社会发展的核心动力。

　　标志以圆型为主体体现了团结和谐的工作关系，上下交叉的两个“人”字，象征着以人为本、服务至上的分院理念和强烈的向心力、凝聚力。

　　中心形似绽开的花朵，寓意通过艰苦努力，终究会结出灿烂的成果。