空间中心所徽为圆形，中心部位为空间中文英文缩写字母CSSAR。外轮廓的椭圆形表示空间科学控测卫星常用的椭圆轨道，字母C形成的弓形如同地球空间的向阳面磁层顶，由两个SS组成的波纹象征空间环境中波动的磁场和电场，S与A之间的空隙的蓝色部分如同英文字母P，象征空间环境中的各种粒子（Particles），字母A在表示应用（Application）的同时其稳定的结构也表示了对空间科学的各种支持和服务技术，最后一个字母R除了表示研究（Research）以外，还表示了应用无线电技术的遥感和遥科学（Radio, Remote, Sensing and Remote Sc-ience）。

所徽的圆环中上下分别用英文和中文写出中国科学院空间科学与应用研究中心。

所徽的三种颜色也具有释义，中心的红色表示影响日地空间环境的根本因素太阳，深蓝色表示深广的宇宙空间，黄色镶边既表示自然界中红黄蓝三原色缺一不可，又表示了大地，意喻空间科学研究特别是日地空间物理研究已经开始应用于人类社会。