标识由马门溪龙的复原图、“北京猿人”的复原头像和研究所英文大写字母IVPP三部分组成。其中马门溪龙代表古脊椎动物学的研究，“北京猿人”代表古人类学的研究。标识体现了研究所鲜明的学科特色和科学文化内涵。